因為水的換熱效遠遠地超過氣體的換率，水冷式冷水機組的能效等級風冷式冷水機組高。風冷凝器與同樣換發(fā)熱量的水冷式冷凝器對比，機器設備容積大，常用原材料多，制造成本較高。水冷式冷水機組即便再加上冷卻系統(tǒng)的機器設備花費，其成本費仍舊比內冷式機組低15-20%上下。工業(yè)冷水機，此外，因為風冷式機組的機器設備為名輸出功率比水冷機組的為名輸出功率大，在電力工程擴容、電機控制機器設備等層面的花費也較高。
在制冷制熱切換方面，風冷機組是冷媒環(huán)路通過四通閥切換流動方向。將冷凝器和蒸發(fā)器互換。夏季熱量從室內傳遞到室外，冬季則從室外吸熱到室內。而水冷機組不具備蒸發(fā)器和冷凝器互換能力，所以接冷卻塔的機組沒有制熱的功能（需要外接鍋爐）。熱泵式機組要切換冷凍水和冷卻水環(huán)路，在機房內要增加8個水路切換閥門。夏季冷水進屋，熱水進外部盤管。冬季熱水進屋，冷水進外部盤管。
風冷式機組雖然在節(jié)約用水、簡化系統(tǒng)及節(jié)約安裝空間等方面具有顯著優(yōu)點，但從整個空調建設工程綜合考慮上，包括土建費用、冷卻水和冷凍水系統(tǒng)費用、電控和配套管理費及運行費用等，與水冷式冷水機組相比，風冷式冷水機組還不顯優(yōu)勢。目前，絕大部分空調工程的主機選配，還是以水冷式冷水機組為主。
在維修工業(yè)冷水機的時候停機進行操作。由于運行中的工業(yè)冷水機會產生更多的熱量，在運行十分鐘左右同樣會停機。因此在停機的狀態(tài)下進行維修檢測，能夠避免產生額外的高溫，主要能夠確保工業(yè)冷水機處于正常的運行溫度范圍內，即可保障工業(yè)冷水機處于正常的運行狀態(tài)。 遇到各種工業(yè)冷水機的故障不需要過度慌張。利用的設備針對工業(yè)冷水機進行認真仔細的分析，能夠找出導致故障的根本原因。然后根據自己的具體能力，制定適合的維修計劃，在短的時間內，保障工業(yè)冷水機重新運行。
冷水機組循環(huán)冷卻水處理，由于空調冷卻水系統(tǒng)的結垢、腐蝕和藻類滋生不是在短期內形成的，也不會在短期內對系統(tǒng)有破壞性的影響，所以，往往得不到運行管理人員足夠的重視。另外.由于空調冷卻水系統(tǒng)比較簡單，設計人員對其重視不夠，并且，冷卻水的處理是給排水和暖通均相關的，而冷卻水系統(tǒng)多是由暖通人員搞，所以，難免造成先天設計不盡合理.在設計過程中針對空調冷水機冷卻水系統(tǒng)易結垢腐蝕和菌藻滋生的特點，其處理方法也與冷凍水系統(tǒng)有所不同。
安裝環(huán)境與位置會引起噪音問題,如果工業(yè)冷水機處于比較狹小的環(huán)境中，則噪音會被“放大”。狹小的環(huán)境會讓工業(yè)冷水機的正常運行聲音變大，聽上去會超過正常運行的聲音，建議不管是風冷機還是水冷機，一律安裝在較為空闊的環(huán)境中，并且周邊沒有雜物異物，對環(huán)境聲音有較高要求的話，可安裝隔音墻，并保持通風散熱。
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