項目簡介
CLIP-seq, 又稱為HITS-CLIP，即紫外交聯(lián)沉淀結合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結合蛋白相互作用的革命性技術。其主要原理是基于RNA分子與RNA結合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián)，以RNA結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質復合體沉淀之后，回收其中的RNA片段，經添加接頭、RT-PCR等步驟，對這些分子進行高通量測序，再經生物信息學的分析和處理、總結，挖掘出其特定規(guī)律，從而深入揭示RNA結合蛋白與RNA分子的調控作用及其對生命的意義。
傳統(tǒng)的CLIP方需要利用進行放射性同位素標記示蹤，實驗步驟較為復雜，嚴重限制了該方法的普及應用。通過技術，表觀生物隆重推出新的紅外-CLIP-Seq（irCLIP-Seq）技術服務。irCLIP-Seq通過使用紅外熒光染料取代傳統(tǒng)放射性物質標記，并引入thermostable group II intron reverse transcriptase (TGIRT)用于cDNA合成，的提供實驗效率，簡化實驗流程。

實驗流程


應用范圍
RNA結合蛋白作用機制研究
lncRNA/circRNA功能機制研究
miRNA靶標鑒定

送樣要求
1. 具備紫外交聯(lián)儀的，可以把細胞交聯(lián)收集好后通過干冰運輸。
2. 不具備前期準備條件的，需提供活細胞及配套培養(yǎng)基，常溫運輸。如需進行細胞前處理，請?zhí)峁┰敿氄f明和相關材料，并收取相應處理費用。細胞培養(yǎng)及收集需根據(jù)細胞類型不同而收取相應費用。

細胞數(shù)量
107

物種
人、大鼠、小鼠

測序模式
SE 50

測序數(shù)據(jù)量
20M-40M

生物信息分析內容
1. 數(shù)據(jù)產出統(tǒng)計，對原始測序數(shù)據(jù)去接頭、去低質量 reads、去污染；
2. CLIP 測序序列與參考基因組序列的比對，Reads在全轉錄組的分布；
3. Reads在轉錄起始位點（TSS）附近的分布分析；
4. Reads在轉錄終止位點（TTS）附近的分布分析；
5. Reads在翻譯起始位點（Start codon）附近的分布分析；
6. Reads在翻譯終止位點（Stop codon）附近的分布分析；
7. 統(tǒng)計 CLIP 測序數(shù)據(jù)富集區(qū)域 ( Peak ) 的信息；
8. Peak 相關基因篩選與 GO 功能聚類分析及KEGG生物通路富集分析；
9. 多個樣品的差異分析；
10. 結合峰的motif檢測。

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