化石是資源，保護(hù)工作面臨諸多挑戰(zhàn)。自然風(fēng)化、人為破壞和非法采集都威脅著化石遺產(chǎn)。各國通過建立自然保護(hù)區(qū)、立法保護(hù)和公眾教育等措施應(yīng)對(duì)這些挑戰(zhàn)。例如，美國《古生物資源保護(hù)法》和中國《古生物化石保護(hù)條例》都為重要化石提供了法律保護(hù)。

化石研究也涉及倫理問題，如重要化石的歸屬權(quán)、商業(yè)化采集與科學(xué)保護(hù)的平衡等。國際古生物學(xué)界倡導(dǎo)負(fù)責(zé)任的采集實(shí)踐，強(qiáng)調(diào)化石的科學(xué)價(jià)值。近年來，數(shù)字化石庫和3D打印技術(shù)為化石共享提供了新途徑，既保護(hù)原始標(biāo)本又促進(jìn)科學(xué)研究。

傳統(tǒng)化石研究方法包括野外采集、實(shí)驗(yàn)室處理和形態(tài)學(xué)分析。古生物學(xué)家通過系統(tǒng)的地層調(diào)查和化石采集，獲取研究標(biāo)本。在實(shí)驗(yàn)室中，化石需要經(jīng)過精心修理（去除圍巖）、加固和復(fù)原。比較解剖學(xué)方法通過對(duì)比化石與現(xiàn)生生物的形態(tài)特征，推斷其分類位置和生物學(xué)特性。